研究院实行理事会领导下的院长负责制，以协同创新为导向，按照围绕产业链构建创新链，围绕创新链配置资金链的思路，按行业组建若干协同创新中心，设立知识产权基金，并与各中心高科技企业共同组建中心专属子基金；中心与子基金评估课题，子基金领投，知识产权基金跟投，政府配套资助经费；组建若干专业研究所，按照课题任务快速、灵活组成高水平工程技术团队，高效高质完成攻关任务，协同创新中心、基金、研究所三元耦合，实现产学研用紧密结合和市场配置资源的效果，通过资本平台及联动机制实现“目标一致、责任共担、利益共享、行动同步”。